中草药的类型不少，依据近年的初步统计，总数约在八千种左右，常用中草药亦有700种左右。这样繁多的类型需要根据肯定的系统，分门别类，才便于学习、研究和应用。药物分类的办法是依据大家对于药物认识的渐渐深化而不断进步的。
《神农本草经》把当时常见的365种药物根据毒性强弱和用药目的不同分成上、中、下三品：上品是延年益寿药，无毒，多服久服不伤人，中品是防病补虚药，有毒无毒，依据用量使用方法而定；下品是治病愈疾的药物，多有毒性，不可久服。这种分类办法简单而粗糙，其中有的药物的分类也未必适合。但当时，可能在防止因用错药物而中毒的问题上是起到了肯定用途的。梁代陶弘景编《本草经集注》时，增药365种，分为玉石、草、木、果菜、米食、有名未用六类，每类又各分上、中、下三品，这是依据药物自然属性进行分类的开端，但仍较粗糙。直到明代李时珍编《本草纲目》一书，分类办法始有重大的进步。他使用了依据以前本草的分类办法略加修改，把药物分为水、火、土、石、草、谷、菜、果、木、器、虫、鳞、介、禽、兽、人等十六部外，又把各部的药物根据其生态及性质分为六十类。比如草部分为山草、芳草、隰草、毒草、蔓草、水草、石草、苔、杂草等。而且他还总是把亲缘相近或相同科属的植物排列在一块，比如草部之4、隰草类中的53种药物中，有21种是菊科，而且其中10种是连排在一块的。这种分类办法能够帮助药材原植物（或动物）的辨认与采收，对于澄清当时很多药材的混乱状况起了非常大用途。
现代记载中草药的教科书所使用的分类办法，依据其目的与重点而有不同，主要有下列四种：
1.按药物功能分类——如解毒药、清热药、理气药、活血化瘀药等。
2.按医用部分分类——如根类、叶类、花类、皮类等。
3.按有效成分分类——如含生物碱的中草药、含挥发油的中草药、含甙类的中草药等。
4.按自然属性和亲缘关系分类——先把中草药分为植物药、动物药和矿物药。动植物药材再依据其原植物原动物的亲缘关系来分类和排列次序。如麻黄科、木兰科、毛茛科等等。
上述各种分类办法各有优势和弊端，到底以使用哪一种分类办法比较适合，主要取决于大家的目的和需要。比如按药物功能分类，有益于学习和研究中草药有哪些用途和作用与功效，按医用部分分类便于学习和比较各类药材的外部形态和内部架构，因而有益于药材的性状鉴别和显微鉴别；按有效成分分类有益于学习和研究中草药的有效成分及其化学鉴别。使用按药材自然属性和亲缘关系分类的办法，这是因为同科属的中草药在外部形态，内部架构、化学成分和医疗应用等方面总是有不少相似之处。使用这种分类办法不但便于学习和研究这类一同点，也便于比较它们的特异点，以揭示其规律性，如此，既有益于中草药的鉴别也有益于从同科属动植物中探寻含有相同或类似成分的动植物，以扩大药物资源。
